Principale différence: la Bible catholique contient les quarante-six livres originaux de l'Ancien Testament (qui comprend les sept livres des Apocryphes) et les vingt-sept livres du Nouveau Testament. La Bible protestante ne comprend que les trente-neuf livres de l'Ancien Testament et les vingt-sept livres du Nouveau Testament.
Une différence majeure entre les églises catholiques et protestantes réside dans leur croyance en la Bible. Les catholiques considèrent que la Bible a une autorité égale à celle de l'Église et des traditions, alors que les protestants la considèrent comme l'autorité suprême en matière de foi et de pratique.
Il convient de noter que la Bible n'est pas qu'un livre. c'est une collection de livres allant des écrits aux événements historiques. C'est une bibliothèque d'histoires de la vie de Jésus, de ses apôtres et de leur vie après la mort de Jésus sur la croix. À la fin du IVe siècle, ces divers volumes et histoires ont été réunis en un seul volume, qui est essentiellement la Bible moderne, telle que nous la connaissons. La Bible moderne est composée de deux parties: l'Ancien Testament et le Nouveau Testament.
Les bibles catholique et protestante incluent le Nouveau Testament dans le même format. La différence se pose dans l'Ancien Testament. L'Ancien Testament, tel qu'il est inclus dans la Bible protestante, a été soumis à la canonisation des doctrines ou des livres. La canonisation est un processus de sélection des livres qui doivent rester et faire partie de la Bible et ceux qui devraient être exclus. La Bible protestante n'inclut que les livres considérés comme étant les paroles de Dieu. Les livres et les récits considérés comme écrits par «l'homme» ont été exclus. Ce processus de canonisation a pris plusieurs siècles.
L'Ancien Testament dans la Bible originale était basé sur une traduction grecque des Écritures juives, appelée la Septante. Vers l'an 100, les rabbins juifs ont révisé leurs Écritures et établi un canon officiel du judaïsme qui excluait certaines parties de la Septante grecque.
Les livres enlevés étaient Tobit, Judith, 1 Maccabées, 2 Maccabées, Wisdom (de Salomon), Sirach et Baruch. Des parties des livres existants ont également été supprimées, notamment le Psaume 151 (tiré des Psaumes), du Livre d’Esther, de Susanna (chapitre 13 de Daniel) et de Bel et le Dragon (chapitre 14 de Daniel).
Cependant, l'Église catholique romaine n'a pas suivi les traces des protestants et a continué à baser son Ancien Testament sur la Septante. Ainsi, fondamentalement, la Bible catholique contient toujours les quarante-six livres originaux de l'Ancien Testament (qui comprend les sept livres des Apocryphes) et les vingt-sept livres du Nouveau Testament. La Bible protestante, en revanche, comprend maintenant les trente-neuf livres de l'Ancien Testament et les vingt-sept livres du Nouveau Testament.